Arrêt de travail : ce qui change au 1er septembre 2026

Trois décrets du 12 juin 2026, publiés au Journal officiel du 13 juin, viennent préciser les modalités d'application de l'article 81 de la loi de financement de la sécurité sociale (LFSS) pour 2026. Ces textes réforment en profondeur le régime des arrêts de travail, avec des impacts concrets pour les employeurs dès le 1er septembre 2026 et d'autres à compter de janvier 2027.

C'est la mesure phare. Jusqu'à présent, la durée des arrêts de travail n'était pas soumise à un plafonnement légal. Le décret du 12 juin 2026 crée l'article R.162-1-7-1 au code de la sécurité sociale qui limite la durée des arrêts et des prolongations prescrits à compter du 1er septembre 2026 : la durée d'un arrêt maladie ne pourra plus dépasser 31 jours pour la première prescription et chaque prolongation d'arrêt ne pourra pas dépasser 62 jours.

Ces plafonds s'appliquent à tous les professionnels de santé habilités à prescrire : médecins, chirurgiens-dentistes et sages-femmes.

Important : les plafonds s'appliquent uniquement aux arrêts de travail et aux prolongations prescrits à compter du 1er septembre 2026. Les arrêts en cours à cette date ne sont pas concernés.

Des dérogations restent possibles : le médecin prescripteur peut déroger à ces plafonds lorsqu'il justifie, sur la prescription, de la nécessité d'une durée plus longue au regard de la situation du patient, en considération, lorsqu'elles existent, des recommandations établies par la Haute Autorité de santé.

Ces plafonds ne s'appliquent pas à Mayotte.

À partir du 1er septembre 2026, les médecins devront obligatoirement indiquer le motif de l'arrêt sur la prescription, à des fins de contrôle par l'Assurance maladie.

Le décret n° 2026-499 fixe la durée de renouvellement d'un arrêt de travail à compter de laquelle le prescripteur peut solliciter l'avis du service du contrôle médical de l'Assurance maladie : ce seuil est fixé à trois mois, à compter du 1er septembre 2026.

Les contrôles se poursuivront en 2026, avec une attention particulière portée aux arrêts longs, aux arrêts prescrits en téléconsultation, aux arrêts courts répétés et aux situations de nomadisme médical.

Cette règle est déjà en vigueur. La durée des arrêts de travail prescrits en téléconsultation est limitée à trois jours. Si l'état de santé de l'assuré ne s'améliore pas au-delà de cette période, il est nécessaire qu'il puisse être examiné physiquement par un médecin. Cette limitation ne s'applique pas si l'arrêt est prescrit par le médecin traitant ou la sage-femme référente.

Le décret n° 2026-501 plafonne à 4 ans la durée maximale pendant laquelle l'indemnité journalière est versée à la victime en cas d'arrêt de travail faisant suite à un accident du travail ou d'une maladie professionnelle. En cas d'interruption suivie de reprise du travail, l'indemnité journalière peut être servie pendant une nouvelle période maximale de 4 ans, si l'activité a été reprise pendant une durée d'au moins un an.

Ces dispositions sont applicables aux indemnités journalières versées aux victimes dont le sinistre est intervenu à compter du 1er janvier 2027.

Le montant des IJSS (41,95 €/jour maximum pour les arrêts prescrits à compter de février 2026) et le délai de carence de 3 jours restent inchangés. Le calcul des IJSS reste également le même.

Pour les employeurs, le plafonnement ne modifie pas les obligations de maintien de salaire.